Со дня основания по сей день в университете как высший орган управления действует научный совет, неизменным председателем которого является доктор юридических наук, профессор Джангирян Жора Даниелович. Членами научного совета становятся проректор, все заведующие кафедрами, профессора, ведущие доценты, заведующий учебной части, председатель студенческого совета, заведующий отделом аспирантуры. Состав совета в начале каждого учебного года обновляется и утверждается приказом ректора.
Состав научного совета 2009/2010 уч. года:
На научном совете обсуждаются организация учебного процесса, множество вопросов учебно-методического и научно-исследовательного характера. Обсуждались организация и усовершенствование учебного процесса уч. полугодий, результаты полугодовых экзаменов и задачи соответствующих подразделений, вопросы преддипломной практики, защиты диссертаций и организации экзаменов, пересмотра тем дипломных работ. Неоднократно слышались отчеты о проделанной работе компьютерной лаборатории, библиотеки, газеты “Нор Гладзор”, отдела аспирантуры, студенческого научного совета. Разработан критерий, по которому до 2001г. научный совет присуждал звания доцента и профессора Гладзорского университета, с 2001г. эти звания утверждены ВАКом.
По рекомендации научного совета были изданы многочисленные монографии и учебные пособия. Поскольку научному совету дано право утверждать аспирантские темы и научных руководителей, поэтому с 2005г. обсуждаются и утверждаются темы и научные руководители, слушаются отчеты аспирантов и их руководителей. По решению научного совета известным ученым присуждается почетная степень доктора университета “Гладзор”, а золотая памятная медаль- работникам университета и людям вне его за научную, арменофильскую деятельность.